تخلخل میکروسکوپی (Microporosity) به حفرات با اندازه کمتر از 10 میکرون گفته می شود که در سنگهای گل غالب با بافت چاکی (Chalky texture) یافت می شود. نامهای دیگری چون  intramicrite porosity, chalky-porosity, matrical porosity, pin-point porosity به این حفرات اطلاق می شود. عقاید مختلفی در مورد ابعاد حفرات میکروسکوپی وجود داشته است. چوکت و پری (1970) حفرات با اندازه کمتر از 62 میکرون را حفرات میکروسکوپی معرفی می کند درحالیکه آرچی (1952) به حفرات با اندازه 10 تا 30 میکرون اصطلاح میکروسکوپی به کار برده است. برخی نیز معتقدند که حفرات میکروسکوپی اندازه ای کمتر از یک میکرون دارند. تخلخل در توالی های با حفرات میکروسکوپی به 15 درصد می رسد و تراوایی عمدتاً کمتر از 0/1 میلی دارسی است ولی ممکن است به 30 میلی دارسی نیز برسد. به دلیل اندازه بسیار ریز حفرات، نرخ آب اشباع شدگی در این سنگها بر اساس تفاسیر پتروفیزیکی (لاگ مقاومت) بالا محاسبه می شود. درحالیکه به دلیل خاصیت موئینگی بالای حفرات ریز، این آب قابلیت حرکت نداشته و تولید نمی شود. در سالهای اخیر، کازمارک و همکاران (2015) بر اساس اندازه بلورها، گلوگاه حفرات و روابط بافتی سنگهای کربناته با تخلخل میکروسکوپی را به سه گروه تقسیم کرده است. برای سالیان متمادی منشأ تخلخل میکروسکوپی یکی از بحث های مهم بین زمین شناسان کربناتی بوده است. بسیاری از زمین شناسان معتقد هستند که تخلخل میکروسکوپی نتیجه انحلال در سنگهای گل غالب است. در حالیکه نتایج تحقیقات جدید (توسط لوسیا و لاکز 2013) نشان می دهد که تخلخل میکروسکوپی نتیجه جانشینی ذرات گل میکروسکوپی با میکرواسپار در حین دیاژنز است. تبلور ذرات گل در حین دیاژنز و افزایش اندازه آن اثر مهمی در تراوایی دارد. این تحقیق نتایج مطالعات قدیمی موشیر (1989) را در سازند شعیبا تأیید می کند.